汕头保税区除享有国家赋予的一系列特殊政策外，还享有汕头经济特区优惠政策。主要优惠政策有：

    1、国内外投资者可在区内开展生产加工、国际贸易（含转口贸易）、仓储物流、分拨配送、商品展示、商业性简单加工及维修检测等业务。

    2、保税区与境外之间进出的货物，由货物的收货人、发货人或其代理人向海关备案。除实行出口被动配额管理的外，不实行进出口配额、许可证管理。

    3、区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和其他基建物资，区内企业进口自用设备、办公用品及其所需的维修零配件，生产用燃料，免征进口关税和进口环节税。

    4、区内企业为生产加工产品进口所需的原材料、零部件、元器件、包装物件，予以保税。从境外进入保税区的货物，予以保税。

    5、区内企业货物出口，货物实际离境时可申请办理出口退税。

    6、区内企业开展加工贸易，不设保证金台帐制度，不实行分类管理，可以开展委托加工业务。在汕头海关关区内可开展深加工结转业务，并可采用事先备案、定期集中报关的形式。

    7、区内加工企业加工的制成品运往境外，免征出口关税；企业在办理出口报关手续后，海关开出退税联和出境备案清单，企业可按规定向税务部门申请办理国产料件的“免、抵、退”税手续。销往国内非保税区的，按制品成品所含境外运入料、件征税。

    8、除国家禁止进口的商品外，进口仓储货物予以保税；在区内不受品种和储存期限限制，进行商业性简单加工。对信誉良好的仓储企业，货物运出区外，可一次报关分批送货，并逐批办理海关登记和核扣手续。

    9、企业所得税税率15%（国家有特殊规定行业除外）。对新办的独立核算的从事交通运输、邮电通讯的企业或者经营单位，自开业之日起，第一年免征企业所得税，第二年可减半征收企业所得税。实际经营期十年以上的外资生产性企业，自获利年度起，二年内免征企业所得税，第三年至第五年减半征收。
    2008年1月1日起按国家新的企业所得税法执行。

    10、区内企业的外汇收入可全额留存，不实行外汇核销制度。