汕头保税区管委会是汕头市人民政府的派出机构，行使市一级管理权限，实行“精简、高效”管理机制，逐步与国际惯例接轨。保税区管委会属下仅设置五个职能部门，海关、检验检疫、工商、税务、公安等派出机构均进区办公。